Pocházel z maminčiny strany ze starého rodu z Benecka, sám se narodil ve Vrchlabí. Nejprve zde dlouhá léta učiteloval, avšak kvůli básni Píseň o střele, která dvakrát zabila, jíž reagoval na sovětskou okupaci, mohl poté učit už jen v Domově se zvýšenou výchovnou péčí. Také jeho publikační činnost je v sedmdesátých letech vlivem normalizačních úředníků téměř zcela utlumena.
V roce 1980 začíná pracovat v Krkonošském muzeu ve Vrchlabí. Bylo to snad nejplodnější období jeho života. Pilně vyjížděl za pamětníky a zaznamenával jejich osudy a vyprávění. Terénní deník z let 1980–1984 obsahuje nepřeberné množství folklorních a etnografických informací. Napsal desítky studií s národopisnou, folklorní, jazykovědnou, historickou a literárně historickou tematikou.
Miloš Gerstner až do vysokého věku pokračoval i v tvorbě literární a literárně dramatické.